予約金と宿泊料金は別物ですか?

予約金は「宿泊料金の内金」となります。宿泊料金の一部ですので、別途発生する料金ではありません。
現地にてお支払いただく金額=(宿泊料金の全額)-(事前にお振込をいただきました予約金の金額)です。